Kết quả khai quật khảo cổ cho thấy, chùa Hàm Long là một di tích Phật giáo quan trọng và tồn tại trong khoảng thời gian dài .
Trên diện tích khai quật 100m2, nhiều dấu tích quan trọng đã phát lộ như, dấu tích nền kiến trúc gồm bó nền, nền, vật liệu gia cố nền được xây dựng dưới thời Mạc và Lê Trung Hưng.